L’image de la Virgen del Pueyo, disparue au XVIIIe siècle, était vénérée au point culminant du village de Cuevas, raison pour laquelle il a pris le nom de « El Pueyo ». Sur le mur qui devrait occuper l’autel, il y a un rocher qui pourrait être conservé car il est considéré comme le lieu du Miracle, comme la région était autrefois connue.
L’ermitage devait déjà exister à la fin du XVe siècle, car il existe un document de 1481 qui mentionne la confrérie de Santa María et un autre peu après qui mentionne Santamaría del Poyo (1493).
Elle est mentionnée dans la visite pastorale de 1601, bien qu’il soit dit qu’elle ait besoin d’une nouvelle toiture. Au XVIIe siècle, il a été remodelé tel que nous le connaissons aujourd’hui, avec un plan central et une coupole décorée de sgraffites.
