La ubicación del Centro de Interpretación en Villarroya se justifica por la presencia histórica de dicha orden en esta población, al haber formado parte de la Bailía Sanjuanista de Aliaga. Se estudia la presencia hospitalaria en el territorio de las tres Bailías: Aliaga, Cantavieja y Castellote. Además del tratamiento de temas relacionados con la Orden de San Juan, se presta atención a otros aspectos de las poblaciones de la zona, para un mejor conocimiento de las mismas, como su patrimonio histórico artístico, religiosidad popular, demografía, vicisitudes históricas, economía, etc.
Al estar instalado el centro de interpretación en Villarroya de los Pinares se dedican una parte de los contenidos al estudio de diferentes aspectos de esta villa, al de Francisco Peña, su hijo más ilustre, y al de su cárcel, por estar aquí emplazado.
